Владимир Путин заявил 15 февраля на встрече с канцлером ФРГ Олафом Шольцем, что Североатлантический альянс развязал войну в Европе в 1999 году:
«Ведь мы с вами были свидетелями войны в Европе, развязанной как раз блоком НАТО против Югославии». Путин напомнил, что в конце 1990-х состоялась крупная военная операция с нанесением ракетно-бомбовых ударов по одной из европейских столиц – Белграду. «Это же было. Без санкции Совета безопасности ООН. Это очень плохой пример, но он был».
Кремль и МИД активно используют в пропагандистских целях бомбардировки Белграда 1999 года, выхватывая воздушную операцию НАТО в Союзной Республике Югославия (Сербия и Черногория) из общего контекста косовского кризиса, который имеет свою многолетнюю историю. Несмотря на эффектные поступки вроде разворота самолета премьера Евгения Примакова над Атлантикой и ожесточенные дипломатические споры, в тот период Россия и западные страны действовали в основном как партнеры, а у Москвы была заметная посредническая роль. Россия совместно с западными странами заявляла о необходимости прекращения этнических чисток в отношении албанского большинства в южном крае Сербии Косово.
Судя по международным документам, поддержанным Россией в конце 1990-х, Москва соглашалась с тем, что в Косове имел место вооруженный конфликт с многочисленными жертвами среди гражданского населения из-за неизбирательного применения оружия сербскими силами безопасности и югославской армией. Кроме того, тогда Москва соглашалась с тем, что косовский кризис угрожает миру и безопасности в регионе, а его урегулирование требует значительных уступок со стороны руководства Сербии.
Так, Россия была среди стран, предложивших в марте 1998 года ввести всеобъемлющее эмбарго на поставки оружия в Союзную Республику Югославия. В этой резолюции содержался призыв начать без предварительных условий диалог с косовскими албанцами, который бы привел к большей степени автономии и самоуправления. От Белграда требовали вывести спецподразделения и прекратить деятельность сил безопасности, затрагивающую гражданское население. Все эти требования сохранялись вплоть до начала бомбардировок НАТО. В сентябре 1998 года Россия согласилась с формулировкой о надвигающейся гуманитарной катастрофе в Косове. И уже сильно позже российская дипломатия стала утверждать, что до начала операции НАТО в регионе не было угрозы гуманитарной катастрофы.
В НАТО приступили к бомбардировкам 24 марта 1999 года, после провала переговоров в Рамбуйе и Париже, где от Белграда требовали предоставить косовским албанцам широкую автономию и согласиться на ввод иностранных сил. Воздушная операция не получила одобрения со стороны СБ ООН из-за позиции России и Китая. Альянс мотивировал свои действия невозможностью добиться путем диалога и санкций прекращения сербскими властями массовых этнических чисток. Эту операцию в НАТО считали гуманитарной интервенцией. Среди прокремлевских политологов распространено мнение, что это был заговор Запада против сербских и российских интересов.
Операция НАТО продолжалась 78 дней, бомбардировкам подверглись около тысячи объектов. По данным сербских источников, в общей сложности было нанесено 2300 ударов, в том числе по гражданской инфраструктуре. К апрелю 1999 года, по данным ООН, Косово покинули 850 тысяч беженцев при общей численности населения два миллиона человек. Еще 230 тысяч считались перемещенными лицами: они покинули свои дома, но оставались на территории Косова.
Конец военной кампании спустя два с половиной месяца положила посредническая миссия с участием Мартти Ахтисаари (Финляндия) и Виктора Черномырдина (Россия). 28 мая 1999 года югославская сторона сообщила, что принимает общие принципы косовского урегулирования. План Черномырдина-Ахтисаари состоял из 10 пунктов. Наиболее важные из них представляли собой изначальные требования альянса, выдвинутые еще до бомбардировок. Это возвращение беженцев, размещение международных сил сдерживания, отвод сербских военных и полицейских частей и урегулирование политического статуса Косова на основе соглашений, выработанных в Рамбуйе. По сути, сербский лидер Слободан Милошевич вернулся к исходной точке, потеряв больше, чем от него требовали до бомбардировок.
Согласованные условия были оформлены как резолюция Совета Безопасности ООН 1244, в которой говорилось о передаче Косова под международный контроль и необходимости определения будущего статуса провинции.
За день до принятия резолюции 1244 представители Белграда подписали Кумановское военно-техническое соглашение, в котором говорилось о выводе в сжатые сроки всех югославских и сербских подразделений и вооружений. Была определена 25-километровая воздушная зона безопасности и 5-километровая наземная буферная зона вдоль границ Косова, куда войска СРЮ больше не могли войти без разрешения НАТО. Самолеты, радары, ракеты класса «земля-воздух» и т.п. должны были быть отведены вглубь Сербии. Международные силы КФОР под командованием НАТО получали право запрашивать любую информацию военного характера о силах СРЮ на территории Косова и в зоне безопасности. Нарушение любого положения Кумановского соглашения предполагало силовой ответ со стороны международных сил.
На этом фоне Россия, которой не был выделен отдельный сектор в Косове, провела спецоперацию по установлению контроля над аэродромом Слатина, непосредственно перед вводом натовских контингентов. Утром 12 июня 1999 года в Косово прибыли около 200 российских десантников, служивших в миротворческих силах в Боснии и Герцеговине. Они опередили британских военных, которые должны были занять ключевой косовский аэродром, способный принимать тяжелые военно-транспортные самолеты.
В первые часы казалось, что возникла угроза военного столкновения между Россией и НАТО. При этом снабжать российский батальон по воздуху было технически невозможно, поскольку Румыния, Венгрия и Болгария закрыли свое воздушное пространство для российской транспортной авиации. В итоге российский контингент был размещен в районах, которые были подконтрольны Германии, Франции и США. Российские военнослужащие оставались в Косове до 2003 года. Стороны договорились, что российские военные будут действовать в рамках сил КФОР, но при этом не находиться под непосредственным командованием НАТО. В тот период Россия принимала участие в двух операциях на Балканах под эгидой НАТО (также в Боснии и Герцеговине).
Данные об ущербе и жертвах операции НАТО и косовского конфликта в целом все эти годы остаются предметом споров. Согласно базе данных белградского Фонда гуманитарного права, во время вооруженного конфликта 1998-1999 годов в Косове были убиты или пропали без вести 13 535 человек. Большинство жертв – албанцы (10 812), кроме того, убито 2197 сербов и 526 представителей других народов. Согласно этому источнику, непосредственно от бомбардировок НАТО погибли 754 человека: 454 гражданских лица и 300 представителей вооруженных сил и формирований (274 югославских военных и полицейских и 26 участников Освободительной армии Косова).
В то же время с 20 марта по 14 июня 1999 года сербские силы под лозунгом «защиты сербской территории от агрессии НАТО и террористов» убили около семи тысяч албанцев, не принимавших участия в военных действиях. Часть этих жертв позднее была обнаружена в массовых захоронениях. За это время члены ОАК убили 328 гражданских лиц из числа сербов и 136 цыган и других неалбанцев. Непосредственно в боевых столкновениях убито 1204 члена ОАК и 559 сербских полицейских и солдат. По оценкам ООН, после ввода иностранных войск в Косово смогли вернуться 800 тысяч албанцев, однако более 160 тысяч сербов и цыган после войны покинули свои дома. Большинство из них не вернулись в Косово.
Через девять лет после воздушной кампании НАТО парламент в Приштине принял декларацию о независимости. Это произошло после того, как Сербия и Россия отклонили план спецпосланника ООН Мартти Ахтисаари о предоставлении Косову независимости под международным надзором. Позднее Белград и Приштина начали при посредничестве ЕС новый диалог. Его цель – подписание соглашения о нормализации, которое позволило бы сторонам ускорить интеграцию в Евросоюз. Россия в этом диалоге не участвует.